Pablo Santa Cruz studierte an der Musikhochschule in Puerto Rico, bei Duncan McTier an der Escuela Superior de Musica Reina Sofia in Madrid und bei Esko Laine an der Hochschule für Musik Hanns Eisler. Er war Stipendiat der Karajan Akademie der Berliner Philharmoniker bei Janne Saksala. Bevor er ins Konzerthausorchester eintrat, hatte er einen Zeitvertrag beim Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks.